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おかね

友達「4000万円貯まったら利率5%のスイス銀行に預けられて、労せず年間200万円降ってくる生活が手に入るんだってさ」

僕「でも4000万貯められる身分だったら200万とかどうでも良くなりそうだよね」

っていう庶民会話をおいしいお酒飲みながら、した

秋晴れ、そして

先週の金曜日から東京は好天に恵まれ、一気に秋らしくなってきた。 今に始まったことではないけど天気と気分が正比例するタイプの人間である僕の脳みそも、この4日間は静かな高揚感に包まれている。

先週金曜日は3ヶ月ぶりの実験進捗プレゼンで、雨天だった前日までは挙動不審な解析ソフトに悩まされて死にたくなっていたのに、いざ蓋を開けてみるとそれなりに体裁を整えた発表が完成して、ラボのメンバーからも有用なアドバイスがもらえて大いに生きる希望が湧いてきた。むしろ、前日までの憂鬱さが嘘のように思えた。

日曜日は母校ICUの学園祭で、これが毎年まったく見どころがなく寂れた高校の文化祭のような学園祭なのだけど、いざ卒業してみると懐かしく思うもので昼過ぎにノコノコ行って茄子田楽を齧りながら後輩にちょっかいを出し、ラボに顔を出して旧交を温めたりした。

月曜日からはDNAワークのペースを上げてプラスミドコンストの完成を急いでいる。 初めてやった時はあんなに嫌だったシーケンス用プライマーの設計も、二度目になるとものの20分で終えてしまった。 作業の続きが経験されていると、その途中段階をいちいち意識しなくなるのかもしれない。

そろそろ今年も終わりに近づき、ふとしたときに一年の行いについて思い返すことが増えてきた。 あと二ヶ月、楽しく生きたい。とりあえずは来週からの台湾出張が楽しみである。

プライマー設計嫌すぎ

まあタイトルの通りなのだけど。

DNAワークに従事する実験生物学者は、プライマーの設計という作業をルーチン的に行っている。 自分が設計した遺伝子発現ベクターがうまく作れたか確認するため、あるいは遺伝子配列をシーケンサーで読むためなど、用途はいろいろで、必然的に扱う回数は頻繁になる。そして、そのプライマー設計がものすごく退屈なのである。

目標配列を工夫して継ぎ接ぎするPCRプライマーならまだしも、目標配列を決まった間隔で決まった長さだけとってくるシーケンサー用プライマーなどは、単純作業なのに数が多いのでほんとに脳死しそうである。

実験屋なので煩雑な作業には慣れっこであるが、とくに技術が向上するわけでもない作業はこうも精神を蝕むのかと感嘆するほどの退屈さで、現実逃避に始めたRaspberry Pi Webサーバー構築がはかどるばかりである。

E-Cell Sprint 2014まとめ

ちょっと間が開いてしまったが、E-Cell Sprint記事のまとめをしたいと思う。

Sprint 3日目は朝9:30までに目標のGaruda API実装が完了してしまい、塾業務や大学院のレポートなどハッカソンとは関係のない業務に追われていた*1。それも若干飽きてきた夕方頃にすこしGUI周りを整備して、とりあえず今回のプロジェクトを完成とすることにした。

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最終日は午前中に成果報告プレゼンのスライド作り、昼食後は全員が4分以内の成果報告、そして江ノ電長谷駅まで移動してオイスターバー「COCOMO」で打ち上げ、と楽しく過ごした。 成果発表会では参加者がそれぞれ3日でできたとは思えない華々しい成果を発表していて、聞いていて大変刺激になった。プレゼン中のデモは必ずまごつくという法則も実証されたので、みなさんスクリーンキャプチャしましょう。

今年はオブジェクト指向プログラミングとGUI作成という初挑戦を2つも盛り込んだプロジェクト計画を出してしまったので、2日目の頭には「やりすぎたな」と弱気になったりしたものの、最終的には予定を大幅に繰り上げて目標が達成できたので心理的に大変プラスになった。やはり、一人で何となくコード書いている時とプログラムを書くという目標が共有された空間で書くのとでは楽しさがぜんぜん違う。来年以降も、日本にいる限りは参加したい、素晴らしいハッカソンであった。

*1:そもそもそういうものから開放されるためのハッカソンなのに皮肉なことだ

E-Cell Sprint 2014中盤です

Sprint中盤にさしかかった今日は、ガジェットのGUI部分を作って既存のPythonスクリプトと統合することを目標に格闘していた。最初はwxPythonでやっていたのだけど、文法が煩雑なのとリファレンスが少ないのとで昼過ぎに音を上げ、PyQtに引っ越すことを決めて途中経過のコードを爆破した。PyQtがわかりやすかったおかげで、インストールから2時間ほどでおおまかな外枠を作れたのは嬉しい誤算だった。

その後本格的にスクリプト移植を進め、22時過ぎに最後のバグを潰して、とりあえず元のスクリプトがやっていた作業を再現することに成功し、今日の目標を達成した。

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明日は最終目標のガジェット化を達成すべく、Garuda APIの実装に着手する予定である。

Now at the E-Cell Sprint 2014

去年に引き続き、理研QBiCのE-Cellチーム主催のハッカソン「E-Cell Sprint」に参加している。 葉山のIPC生産性国際交流センターに4泊5日篭って、システム生物学・人工知能関連のコードをひたすら書く合宿で、僕はバイト先で書いているコードをGarudaガジェット化することにした。

そうしたわけで少しフォーマルなPythonコードを書くことになり、いままで避けてしまっていたオブジェクト指向(クラスとか__init__とか)、wxpythonを使ったGUIプログラミングを必死に自習している。クラスの宣言とかそのへんを練習していたらお酒が飲みたくなってきた。

class Sake():
    def __init__(self, brand, rice, category):
        self.brand = brand
        self.rice = rice
        self.category = category
    def __str__(self):
        return "%sの%s%sが飲みたくて飲みたくて震える"%(self.brand, self.rice, self.category)

t = Sake("風の森", "雄町", "純米吟醸")
print(t)
 

風の森のみたい。

近況

昨日ラボに行ってみたら妙に暑いので様子を聞いてみたら、エアコンの室外機が故障してしまったという。尋常じゃない暑さなのでとても実験もデスクワークもできず、今日は図書館にこもっている。

進学後最初の学期が終わり、山のような読書課題と沼のようなレポートから(ほぼ)解放された。やったね。初めての第2外国語である中国語もちょっとわかるようになった。

インターン先の研究プロジェクトが一段落したので短い論文を書いている。 ただ、学期中にレポートがたくさんありすぎたせいか食傷気味であまり筆が進まない。履歴書を賑わすために踏ん張らねば。

そういえば、昨日はラボにカリフォルニアからかなり有名な先生が遊びに来て、セミナーと食事会で大いに盛り上がった。 同じ疑問を共有していることがわかってから、一緒に実験案を考えて「じゃあ君やりなよ」とボスともども後押しされたのでサイドプロジェクトとして走らせてみようと思う。

来月は最初一週間京都へ研修合宿にいって、その後は念願の実験三昧。 9月まで夏休みという経験が生まれて初めてなので少し調子が狂うが、嬉しい*1

今シーズンはFree!と東京喰種とばらかもんを観ている。どれも違うベクトルで面白い。一昨日観に行った劇場版Kとグランドブダペストホテルも両方素晴らしい映画だった。

最近飲んだ日本酒の中では、風の森秋津穂間中絞りと刈穂純米吟醸六舟が美味しかった。どちらも夏にピッタリの爽やかさ。

*1:来年からなくなってしまうという不穏な噂も聞くが